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Les causes de disparition des espèces sont nombreuses et chaque espèce peut être plus ou moins sensible à une cause ou à une autre.
La modification du milieu naturel et la destruction des biotopes des oiseaux est sans doute la première cause de disparition des espèces :
• Destruction du milieu par l'urbanisation et le déboisement
• Modification du milieu par la destruction des zones humides et la désertification par la monoculture.
• Empoisonnement par emploi des pesticides et des insecticides.
Les activités humaines perturbent aussi gravement l'avifaune :
• Les barrières créées par l'homme : Lignes EDF Haute tension, éoliennes...
• Les pièges des poteaux téléphoniques de France Telecom.
• Le dérangements dus aux véhicules tout-terrain, à l'escalade ou au parapente dans des milieux protégés
• La pollution
De nombreux espèces d'oiseaux ou de mammifères se sont vus grandement menacées par la chasse. Certaines espèces ont même été totalement anéantit par les chasseurs (Bouquetins des Pyrénées, pigeon migrateur américain...) ou amenées au seuil de la disparition comme cela été le cas de certains rapaces avant que des mesures de protection ne soient prises avant disparition totale :
• La chasse au piège et à la Glue : chasse non sélective qui détruit également des oiseaux protégés.
• Braconnage (tir d'espèces protégées ou en dehors des périodes de chasse)
• Chasse légales d'espèces dont les effectifs sont en mauvais états de conservation au niveau européen mais qui restent chassables en France après pressions du lobby cynégétique français.