La classification philogénétique

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Classification phylogénétique

La classification phylogénétique est un système de classification systématique des êtres vivants. Elle tente de remplacer la classification scientifique traditionnelle basée sur des traits multiples : biologiques, phénotypiques (anatomiques) et physiologiques (phénomènes physico-chimiques, nutrition). Une des caractéristiques de l'approche phylogénétique est que cette classification bouleverse les classifications fixistes comme celle développées par Linné. La nomenclature binomiale de Linné était basée sur l'adage que toutes les espèces sont apparues en même temps et que celles-ci étaient fixes. Alors que la classification phylogénétique illustre les principes d'évolutions et de parenté des espèces.

La classification phylogénétique est basée sur le modèle évolutif et la notion d'ascendance commune. Cette nouvelle classification ne valide que des groupes monophylétiques et permet de mieux visualiser les embranchements du vivant constitués par différenciations successives au cours du temps.

La hiérarchie fixe de catégories (espèce, genre, famille, etc.) est abandonnée au profit d'un système de taxons emboîtés dont le rang taxinomique n'est généralement plus spécifié.

La classification traditionnelle en cinq règnes a été ramenée - en l'état actuel des recherches - à 3 domaines du vivant :

• Les eubactéries sont des organismes unicellulaires à structure procaryote (leur matériel génétique n'est pas enfermé dans un noyau). Elles possèdent une paroi cellulaire constitué de peptidoglycane.

• Les archées sont des organismes unicellulaires à structure procaryote. Elles possèdent une paroi cellulaire constituée de lipides spécifiques. D'un point de vue écologique, ce sont souvent (mais pas toujours) des extrémophiles.

• Les eucaryotes peuvent être unicellulaires ou pluricellulaires. Leur matériel génétique est enfermé dans un noyau délimité par une membrane ; ils possèdent des mitochondries ; la multiplication cellulaire a lieu par mitose ; l'ADN est divisé en chromosomes et ils présentent une reproduction de type sexuée.

La systématique phylogénétique dans sa version moderne rejette toute catégorisation des niveaux hiérarchiques. Pour des raisons pratiques, l'arbre du vivant donne lui-même la hiérarchie que tentaient de fournir les anciennes catégories. L'arbre du vivant est, en effet, un ensemble de points de branchement. Chaque niveau est assimilé à un taxon. Un taxon est un regroupement d'organisme défini par un ensemble de synapomorphies. Les points ou nœuds sont obligatoirement un organisme théorique qui possèderait les synapomorphies des nœuds postérieurs dans le cladogramme. Si cet organisme est découvert (fossiles ou autres) un nouvel arbre doit être construit. À terme, si l'arbre restitue la totalité des relations de parenté, tous les branchements devraient être binaires. Le sens des dichotomies n'a rien à voir avec la sexualité ni avec des spéciations binaires, car l'arbre n'est pas une généalogie ("qui descend de qui"), mais reflète uniquement un pouvoir explicatif maximal de l'arbre : un arbre totalement dichotomique réussit à restituer toutes les relations de parenté ("qui est plus proche de qui").

La systématique moderne prend en compte tous les caractères héritables, depuis ce qui est visible (anatomie et morphologie, base de la classification traditionnelle) jusqu'aux séquences d'ADN et d'ARN, en passant par les protéines et les données de la paléontologie. Le séquençage de certaines parties du génome, comme l'ADN des mitochondries ou l'ARN des ribosomes a permis dans les dernières années de faire des progrès importants dans la classification et de résoudre maints problèmes séculaires.

L'une et l'autre des classifications ayant leurs mérites et leurs limites, leur usage conjoint dans une systématique dite pragmatique (au quotidien) n'est donc pas absurde, dans la mesure de leur complémentarité.


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